La seconda stagione si aprirà all'alba della guerra messa in moto alla fine della prima stagione, con al centro Mary Sibley che affronta vecchi e nuovi avversari in lizza per il suo trono. In seguito alla distruzione causata dal Grande Rito, completata involontariamente da Mary e innescata da Isaac Walton, il destino del capitano John Alden, Cotton Mather, Tituba, Anne Hale, Mercy Lewis e Isaac è in bilico.
