La terza stagione partirà con Flint sempre più arrabbiato dopo la scomparsa di Miranda: l'uomo è disposto a dichiarare guerra al Nuovo Mondo, diventando sempre più spietato e vendicativo. Eleanor si trova a Londra, dove sta affrontando un processo, mentre Jack è in possesso del tesoro spagnolo. Tutti quanti però, dovranno affrontare l'arrivo a Nassau di Edward Teach, noto come Barbanera, che in passato ha avuto qualche problema con Vane.
Tutti i personaggi dovranno affrontare alcuni cambiamenti di quei tempi che li metteranno in pericolo, come spiega lo showrunner: "La crescente consapevolezza della morte e la paura del futuro che questi personaggi sperimentano rivelano i loro sentimenti più profondi e sviluppa un'acuta consapevolezza di loro stessi. La perdita di Miranda Barlow ha messo Flint in una condizione in cui non ha più una partner che gli permetta sia di essere il Capitano Flint sia di avere un carattere oscuro, mantenendo il suo senso di umanità ".
